Zasada działania oczyszczalni ekologicznej polega na dwuetapowym oczyszczaniu ścieków bytowo-gospodarczych. Pierwszy etap to wstępne mechaniczno-biologiczne oczyszczanie w osadniku gnilnym, który zachodzi przy udziale bakterii beztlenowych i grawitacyjnego oddzielania cząstek. Ostatecznie przed następnym etapem oczyszczania ścieki są klarowane na filtrze zamontowanym w specjalnym koszu przy wylocie ścieków z osadnika. Drugi etap to biologiczne oczyszczanie ścieków na złożach filtracyjnych układanych według określonych zasad w zależności od warunków terenowych.

Ścieki infiltrujące przez warstwę filtracyjną i porowaty grunt są doczyszczane w wyniku zachodzących procesów fizycznych, chemicznych i biologicznych. Adsorpcja ścieków na powierzchni cząstek gruntu lub filtra powoduje intensywny rozwój mikroorganizmów tworzących tzw. błonę biologiczną.

Mikroorganizmy te powodują rozkład zanieczyszczeń organicznych na stałe i gazowe produkty nieorganiczne oraz na masę komórkową. Jednocześnie w gruncie zachodzą chemiczne procesy strącania zanieczyszczeń nieorganicznych, które w zależności od warunków panujących w gruncie mogą być gromadzone lub wymywane. Prawidłowo dobrany osadnik gnilny oraz dobrze dobrany i wykonany drugi etap oczyszczania (drenaż rozsączający, złoże filtracyjne, złoże biologiczne) pozwala na redukcję zanieczyszczeń w granicach; 50% po osadniku gnilnym - po drugim etapie ~90%.

W czasie eksploatacji urządzeń można stosować SUPER SZAMBEX, który jest preparatem o znaczeniu ekologicznym powodującym w krótkim czasie zmniejszenie uciążliwości przykrych zapachów - poprawia parametry CHZT i BZT5, zmniejsza ilość osadów, czyści i konserwuje systemy kanalizacyjne, a przy ich nieszczelności zapobiega skażeniu wód. Każda oczyszczalnia wymaga okresowych kontroli i obsługi, nie ma oczyszczalni bezobsługowych. Co pół roku należy przeprowadzać kontrolę wizualną urządzeń na drodze przepływu ścieków od wlotu do wylotu. Kontrolę przeprowadza sam użytkownik i aby zapobiec przytykaniu się urządzeń należy opróżniać osadnik gnilny maksymalnie co rok. W czasie eksploatacji urządzeń nie wolno wrzucać do kanalizacji żadnych środków żrących i kwasów np. solnego, siarkowego, farb, chloru, rozpuszczalników, oleju oraz silnych detergentów, środków do dezynfekcji czy przetykania rur oraz części zanieczyszczeń stałych takich jak podpaski, pieluchy, opakowania foliowe art. spożywczych różnego typu itp.